輸送部隊の第四〇三飛行隊があり、七九年には騒音による反対運動を押し切ってＣ１ジェット輸送機を配備。九四年には練習機Ｔー４００が導入され、併せてパイロット養成のための百三十人規模の第四一飛行教育隊が置かれた。

　美保基地の北側には「象のおり」と呼ばれる美保通信所がある。防衛庁の直轄で、陸・海・空の自衛隊員が混成チームで電波傍受にあたっている。昨年三月の「不審船」の電波も、いち早くキャッチした。